Fernflower

Только в батниках ошибки, эти строки менять надо
java -jar fernflower.jar -dgs=true %~n1.jar RESULT\ (только декомпиляция, decompile.bat)

java -jar fernflower.jar -dgs=true OUTFOLDER\%~n1.jar RESULT\ (обфускация и декомпиляция, deobfuscate.bat)